In 1296 werd voor het eerst melding gemaakt van een parochie in Sint-Kruis, die ondergeschikt was aan de abdij Ter Doest. Door overstromingen, mede ten gevolge van het doorsteken van de dijken door de geuzen in 1584 om op deze wijze de Spaanse troepen tegen te houden, kwam de omgeving onder water te staan om pas in 1651 weer te worden droog gemaakt. Het huidige kerkgebouw dateert grotendeels uit de 14e eeuw en bestond aanvankelijk uit een eenbeukige kerk met toren. In 1467 en 1483 werd de kerk vergroot tot een driebeukige kerk met koor en dwarspand. Deze kerk werd zwaar gehavend tijdens de Nederlandse Opstand, maar in 1652 werd ze hersteld om dienst te gaan doen als hervormd kerkgebouw. Wat bleef was een eenbeukige kerk met recht afgesloten schip en toren. In 1872 vond nog een kleine verbouwing plaats. De kerk is dus een eenbeukige kerk zonder koor, zijnde het (verkorte) middenschip van de oorspronkelijke kerk. Verder is er de toren, die vanwege de afgeknotte vorm wel 'Peperbusse' wordt genoemd. Het interieur herbergt een 17e eeuwse preekstoel en herenbank uit 1788. De oudste grafzerk in de kerk dateert van 1472. Verder is de kerk een klein pijporgel rijk van de firma Schumacher uit Eupen, wat een geschenk was van het echtpaar Verduijn uit Breskens.
In 2017 vond een fusie plaats tussen de PKN Sint - Kruis en de PKN Aardenburg. De officiële naam van de gemeente is: Protestantse Kerk te Sint-Kruis & Aardenburg.